Tareas a realizar

Los adjudicatarios formalizarán un contrato de acceso al Sistema Español de Ciencia, Tecnología e Innovación, por lo que ningún trabajador podrá ser contratado mediante esta modalidad, en la misma o distinta entidad, por un tiempo superior a cinco años. Se solicita una posición de doctor con un perfil que encaje en el contexto de una de las principales líneas de investigación del laboratorio. Llevamos mas de 20 años realizando investigación de las alteraciones epigenéticas y epigenómicas asociadas a la aparición de la enfermedad humana. Entre todas las enfermedades nuestra prioridad ha sido investigar las alteraciones y los mecanismos responsables detrás de la aparición y desarrollo del cáncer. Una de estas líneas de investigación está centrada en el cáncer de colon. Nuestro grupo de investigación tiene una larga trayectoria en el estudio de las alteraciones epigenéticas y epigenómica de este tipo de tumores, y queda avalado por el hecho de que hemos sido financiados en varias ocasiones en este sentido por el ISCIII (Proyecto AES "Identificación de dianas terapéuticas en cáncer de colon mediante edición epigenética" (PI18/01527), y proyecto "Los hidroximetilomas del cáncer colorrectal" (PI15/00892)), y que hemos realizado diversas publicaciones en prestigiosas revistas internacionales (Carmona et al., 2013, Cancer Prev Res (Phila); Urdinguio et al., 2013, Cancer Res; Huidobro et al., 2012, Eur J Cancer; Rodriguez et al., 2012 J Mol Med; Lara et al., 2010, Oncogene). Actualmente hemos abierto una nueva vía de investigación en este tipo de tumores para la que recientemente hemos presentado una solicitud de financiación al ISCIII (PI21/01067). En este proyecto estudiaremos el papel funcional de las modificaciones post-traduccionales de las histonas (HPTMs) en este tipo de tumores. Aunque se han descrito más de 200 tipos de HPTMs, ninguna ha sido estudiada sistemáticamente en cáncer. En este proyecto utilizaremos una nueva tecnología basada en espectrometría de masas para llevar a cabo un cribado masivo de nuevas alteraciones de HPTMs en cáncer de colon. Posteriormente, combinaremos técnicas de inmunoprecipitación de la cromatina con técnicas de ultra-secuenciación para determinar los mapas epigenómicos de las nuevas alteraciones HPTMs descritas en líneas celulares de cáncer de colon. Comparando los resultados obtenidos con datos de expresión génica (RNA-seq) y datos a accesibilidad de la cromatina (ATAC-seq) determinaremos sus mapas epigenómicos funcionales. En este contexto las tareas concretas englobarían: -Técnicas básicas de biología molecular: PCR, WB, qRT-PCR, etc... -Análisis de marcas de histonas a nivel global. WB, dot blot, espectrometría de masas basada en inyección directa. -Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) acoplada a análisis de marcas de histonas a nivel de locus específico (ChIP-qPCR), o a nivel de genoma completo (ChIP-seq). -Ensayos de accesibilidad de la cromatina a nivel de genoma completo (e.g. ATAC-seq). -Ensayos de expresión génica a nivel de genoma completo (RNA-seq). -Análisis, integración e interpretación de datos -ómicos y clínicos. -Cultivos celulares y manejo de modelos murinos. -Redacción de manuscritos e informes en inglés